ILoveBacteria

Ce qu'on peut conclure de ce billet : dans l'ensemble, les bactéries que nous rencontrons ne nous font pas grand mal. Et même plus : sans bactérie, notre corps ne fonctionne plus normalement, car nous vivons en symbiose avec un très grand nombre d'entre elles.

Ce qu'il ne faut surtout pas conclure de ce billet : pas la peine de se laver les pieds.

NB : Nous suggérons à nos aimables lecteurs de ne pas lire ce billet avant de passer à table.


L'été dernier, grande déception pour les enfants : quand nous sommes arrivés sur la plage d'Aytré, le drapeau rouge était hissé. Pas de vague, pas de vent pourtant. Non, juste une trop forte de concentration d'Escherichia Coli dans l'eau. Saleté de bactérie.

Et d'abord, qu'est-ce qu'elle faisait dans l'eau ? Si seulement elle était restée dans son habitat naturel. A savoir nos boyaux.

Oui, parce que l'E. Coli (vous m'excuserez d'abréger), qui peut provoquer des gastro-entérites, des méningites, des cystites ou la maladie du hamburger (qui n'a que le nom de drôle, n'allez pas vous renseigner), vit normalement dans notre intestin. Et pas juste pour nous faire ch...

E. Coli fait partie de notre flore intestinale bactérienne. C'en est même un émminent représentant, puisqu'elle en constitue à peu près 20% chez l'adulte. Vous me direz, 20% de notre flore intestinale, ce n'est pas grand chose ?

Fixons les ordres de grandeur tout de suite. Un humain, c'est à peu près 60 000 milliards de cellules (humaines). Et à peu près 10 fois plus de cellules bactériennes. La majorité dans l'intestin, mais aussi beaucoup sur la peau et dans les muqueuses (un centimètre carré de peau => 100 000 bactéries). Et c'est heureux, commme nous l'allons voir.

Revenons à E. Coli. En général, c'est une bactérie commensale. C'est à dire qu'elle vit en nous sans nous causer de dommage, mais sans nous fournir de grand service non plus - ce n'est pas une bactérie symbiotique, pour autant qu'on le sache. Par contre, parmi les 500 à 1000 espèces de bactéries qui vous habitent en ce moment, nombreuses sont celles qui vous sont, sinon nécessaires, au moins très utiles.

Utiles pour digérer. Car en l'absence de bactérie capable de digérer les fibres, une feuille de salade n'a aucun intérêt (vous me direz... non, rien...). Certaines vitamines ne sont mêmes fournies à votre organisme que par les bactéries intestinales. La vitamine K2 par exemple (impliquée dans le métabolisme des os et la coagulation sang - si vous n'en avez pas, c'est l'hémorragie assurée).

Utiles pour se protéger. La place étant limitée, les bactéries symbiotiques ou commensales évitent l'invasion par des bactéries pathogènes (les bactéries pas sympas), qui ne manqueraient pas de s'installer dans le doux foyer que sont nos boyaux si la place était libre. E. Coli joue donc ici un rôle généralement positif, du simple fait qu'elle ne joue pas de rôle négatif. Les bactéries stimulent aussi le systèmes immunitaire, qui reste alerte et prompt à réagir à la moindre invasion.

Le même mécanisme s'observe sur la peau, où les bactéries commensales limitent la possibilité d'invasion par des bactéries pathogènes. Certaines produisent même des substances qui sont toxiques pour les autres bactéries ou pour les champignons et levures. Les mycoses peuvent ainsi être facilitées, soit par une hygiène déficiente, soit par une hygiène excessive : si vous privez votre peau de sa protection bactérienne, vous la privez de sa principale défenses contre les mycoses. Lavez-vous les pieds, mais pas à la Bétadines (ou alors pas trop souvent).

Utiles pour le fonctionnement du corps. Car les molécules produites par les bactéries entrent en jeu dans la régulation de la croissance de l'intestin (et l'intestin doit croître tout le temps, car il se renouvelle tous les 5 jours à peu près), dans la croissance des vaisseaux sanguins (qui récupèrent dans l'intestin les produits de la digestion). Sans bactérie, l'intestin n'a plus la même forme, plus autant de capillaires. Bref, il est moins efficace.

Encore faut-il que le dosage en bactérie soit le bon. Pardon, soit un des bons. Chacun a son propre "microbiome", avec sa proportion de chaque espèce de bactérie. Une sorte d'emprunte fécale, sauf qu'elle varie dans le temps. Mais certains équilibres sont à conserver. Par exemple, l'équilibre entre le groupe des Firmicutes et celui des Bacteroidetes (ce sont des familles de bactéries, pas besoin d'en savoir plus pour comprendre la suite). La proportion idéale est de 10 Firmicutes pour 1 Bacteroidete.

Si vous passez à 1 pour 1, vous avez peut-être la maladie de Crohn, qui malgré son nom qui rappelle un whisky canadien, n'est pas drôle du tout (ne regardez surtout pas sur Wikipédia si vous êtes hypocondriaque).

Si à l'inverse vous passez à 100 pour 1, vous risquez fort de devenir obèse.

Ceci dit, pour ces maladies, on ne sait pas avec certitude si le déséquilibre est une des causes ou une conséquence de la maladie.

Par contre, on peut utiliser le rééquilibrage pour tenter de guérir des maladies. Dont notamment l'infection par un groupe de bactéries par cool du tout, les Clostridium.

On trouve dans ce groupe les bactéries responsables du tétanos (Clostridium Tetani), du botulisme (C. Botuli) ou de la gangrène (C. Perfringens). Oui, ce billet s'intitule "les bactéries, c'est bon pour la santé", mais il y a quelques exceptions, quand même. Et là, l'exception n'est pas bonne du tout.

Clostridium Difficile, lui, provoque un inflammation du colon. Un grosse, méchante inflammation, qui nécessite une hospitalisation. L'origine de la pullulation de ces saletés serait liée à... la prise d'antibiotiques. Qui auraient dézingué les bactéries commensales, laissant toute la place à C. Difficile. Et vous savez comment on envisage de traiter cette infection ? Bon, d'abord, on arrête l'antibiotique en cause, histoire de permettre à la flore intestinale normale de se remettre. Et pour booster le tout, on a plusieurs possibilités. Dont l'ingestion d'E. Coli, le méchant du début. Car il prolifère vite, et prend rapidement une partie de la place occupée par C. Difficile.

Une autre solution, la transplantation d'une flore intestinale saine. C'est à dire la greffe, sous colloscopie ou par sonde naso-gastrique (je ne vous fais pas de dessin), de matière fécale de quelqu'un qui va bien. Si vous avez un doute sur ce qu'il faut comprendre par matière fécale > le point sur le i <.

Oui, le traitement est vraiment envisagé, les essais thérapeutiques sont concluants (parfois très spectaculaires - jusqu'à 100% de rémission sans effet secondaire - mais toujours sur un faible nombre de patients), et la chose se pratique depuis quelques années, au moins à titre expérimental. Aujourd'hui, les autorités de santé sont en train de regarder comment encadrer cette pratique, et la partie "information et consentement éclairé du patient" n'est pas la plus simple.

Une note de l'Autorité Nationale de Sécurité du Médicament (car le greffon est considéré comme un médicament) précise d'ailleurs que ce traitement pourrait être utilisé pour d'autre pathologies "telles que par exemple les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), les troubles fonctionnels intestinaux, l'obésité, les maladies métaboliques et auto-immunes, les désordres neuropsychiatriques" (je n'invente rien).

La greffe est cependant assez lourde et pas très agréable. Autre défaut : le greffon est vite évacuée par les voies naturelles, il faut espérer que les bactéries que vous implantez s'installent vite et bien (normalement, elles savent faire). Pour contourner ces difficultés, une autre solution est envisagée. Le traitement par des pilules. De matière fécale saine congelée.

Bon appétit.


Bon OK j'exagère un peu.

Si la majorité des bactéries que nous croisons est inoffensive, il en existe évidemment de très nombreuses qui sont pathogènes.  Et bien évidemment, on les croise partout, l'hygiène pasteurienne reste nécessaire. Notamment dans tous les cas où des bactéries pourraient se retrouver à une place qui n'est pas la leur habituellement. Une bactérie vivant dans la terre peut être dangereuse dans l'intestin, raison pour laquelle on lave les légumes. Une bactérie vivant en paix à la surface de la peau peut devenir agressive si elle entre dans l'organisme, raison pour laquelle la Betadine reste utile (même sur les pieds) avant une opération chirurgicale ou après une blessure.
L'interdiction de baignade qui nous a ennuyé cet été n'est pas non plus rendue caduque par l'usage thérapeutique que l'on peut faire d'E. Coli. Il existe de nombreuses souches, parfois très virulentes, et celle qui pullulait dans la rade d'Aytrée n'était pas forcément sans danger. Je rappelle que quand elle n'est pas sans danger, E. Coli peut devenir très chiante. Et un peu mortelle aussi.
En fait, le titre de ce billet, "les bactéries, c'est bon pour la santé", est aussi faux que son contraire, "les bactéries, c'est  mauvais pour la santé". Encore une généralisation abusive, quoi. 

Si vous voulez en savoir plus sur nos interactions avec les bactéries (et pas seulement : qu'est-ce qu'une espèce, comment elle apparait ou disparait...), vous pouvez écouter mon épisode préféré de Podcast Science, avec le professeur Selosse en invité. Pas de matière fécale au menu, juste des truffes. C'est quand même plus classe.